Desculpe...

What é sujeito de happen.Verbos como happen, die não tem objeto, são chamados de inacusativos. Na formulação da sentença antes dela ser pronunciada what vem antes de will:

Do you think WHAT (ou IT como disse o Johannes) will happen? (O que a mente formularia antes da pergunta ser pronunciada.)

WHAT do you think will happen? (A sentença pronta para ser pronunciada.)

Mas what will happen está subordinado à do you think e o pronome interrogativo tem que ser deslocado para a esquerda da sentença, isso é uma regra da língua, com it isso não acontece. 

Do you think it will happen?

E mesmo a frase isolada what will happen? não tem inversão pelo fato de what ser sujeito da pergunta.

JR